Se convirtió en organista suplente de la Christ Church, Dublín, en el verano de 1638, y fue confirmado en el cargo el 9 de septiembre de 1639, pero el empleo fue interrumpido por el estallido de la rebelión y la masacre irlandesa de 1641. Regresó a Windsor como empleado laico en 1641, recuperando su plaza en el coro; durante las conmociones civiles que siguieron fue destituido de su último puesto, pero se le dio una pensión durante el Interregno 'por el favor de los hombres entonces en el poder'. En 1653 se convirtió en cantante en Eton, en los primeros años de la Restauración, donde fue patrocinado por Nathaniel Ingelo, uno de los compañeros. En noviembre de ese año Ingelo acompañó a Bulstrode Whitelocke en su embajada a Suecia como capellán, y se llevó con él algunas de las suites de cuatro partes de Rogers, que fueron interpretadas por los músicos italianos  de la reina Christina. Más o menos en la misma época varias suites de cuatro partes de Roger también fueron enviadas a la corte del futuro emperador Leopoldo I, donde se tocaron 'para gran contento'. En 1658 Rogers recibió un Music Bachelor de la Universidad de Cambridge, en virtud de un mandato del Protector, Oliver Cromwell y, probablemente, por insinuación de Ingelo y Whitelocke. Su primera composición perdida del "Hymnus eucharisticus" de Ingelo fue interpretada en la recepción cívica de Charles II en el Guildhall de Londres el 5 de julio de 1660 por 12 voces, doce instrumentos y un órgano.

Frontispicio de "Cantica Sacra II", con obras de Benjamin Rogers - 1674

Poco después de la Restauración Rogers se convirtió en organista conjunto de Eton con Charles Pearce, y fue el único organista desde 1661. Además, en octubre de 1662 fue nuevamente nombrado empleado laico en la capilla de St George, y se le asignó dinero extra 'en consideración a su capacidad de poder tocar los órganos y cornetas'. Fue nombrado organista e 'informator choristarum' del Magdalen College, Oxford, el 22 de julio de 1664, comenzando sus funciones en enero de 1665 con el inusual enorme salario de £ 60 con habitaciones en el college. Fue un oxfordiano por excelencia del siglo XVII: compositor de la música interpretada en las ceremonias de dedicación del Teatro Sheldonian y compositor de los "Hymnus Eucharisticus", cantados en mayo por la mañana desde la Torre Magdalen (probablemente desde la década de 1670, aunque el ritual no se formalizó hasta alrededor de 1844).

Recibió un Oxford MusD en julio de 1669, aunque su carrera en Magdalen llegó a un final repentino en enero de 1686. Se dijo que hablaba 'tan fuerte en el piso del órgano que ofendía a la compañía', y que se negaba a acompañar al coro correctamente, 'pero fuera de un humor frustrante no tocaba más que sones de Canterbury (Salmos)'. También hubo escándalo respecto de su hija, una 'criatura lasciva' que había estado viviendo en sus habitaciones y estaba embarazada por el portero del college. A pesar de esto, el college le otorgó una pensión de £ 30, que disfrutó hasta su muerte en junio de 1698. Rogers fue recordado principalmente en los siglos XVIII y XIX por sus servicios y anthems, aunque tienden a ser poco osados, con texturas de cuatro partes homófonas y ritmos sin ambages, y quedaron anticuados por la década de 1660, cuando la mayoría de ellos parecen haber sido escritos.

Su música consort es más interesante, e incluye nueve animadas y perfectas suites de cuatro partes en la forma que a mediados de siglo derivaba de la primera versión del "Royal Consort" de William Lawes. En su música para clavecín Rogers utilizaba de vez en cuando el lenguaje expresivo estilo brisé derivado de la música francesa para laúd, aunque la mayoría de las piezas son danzas sencillas de melodía y acompañamiento, y varias son arreglos de su música consort. Como la mayoría de los organistas ingleses de ese tiempo, habría improvisado normalmente voluntaries, aunque un bello voluntary en Do Mayor en un autógrafo fechado en 1664 sobrevive para dar una idea de sus habilidades.